Dans les efforts de réponse à l’épidémie du coronavirus, la détection adéquate des cas à travers les laboratoires est centrale pour une prise en charge appropriée. En Algérie, le laboratoire de l’Institut Pasteur d’Alger (IPA) est celui en charge du dépistage de tous les cas de maladies infectieuses telles que le coronavirus.

« Depuis le début de l’épidémie, nous avons reçu plus de 3000 échantillons suspects dont 10% se sont avérés positifs au COVID-19 », explique Dr Fawzi Derrar, directeur de l’IPA. « Le premier cas de coronavirus qui a été détecté a été prélevé dans le Sud du pays, puis placé dans un triple-emballage pour être acheminé et nous l’avons reçu en 6 heures de temps pour une confirmation au bout de 2 heures. »

Dans le processus de détection des cas, le prélèvement des échantillons, leur acheminement et leur analyse sont autant d’étapes critiques à la riposte. Pour être efficace, le prélèvement des échantillons de laboratoire doit se faire dans les règles de l’art.  Le test diagnostic consiste en un prélèvement qui se fait dans la gorge et dans le nez du cas suspect à l’aide d'un écouvillon, qui est une longue tige munie à son extrémité d'un morceau de coton ou de gaze. 

Poursuivant, il précise : « lorsque les cas suspects sont référés dans les hôpitaux de référence et mis en isolement, ils sont prélevés et les échantillons sont acheminés dans notre laboratoire pour confirmer s’ils sont atteints de COVID-19. Une fois l’échantillon arrivé au laboratoire, il est enregistré et le prélèvement est placé dans un poste de sécurité microbiologique pour analyse. »

Les risques du transport

Le prélèvement n’est que le début du processus. Les étapes qui suivent sont tout autant importantes. « Il arrive des cas où les échantillons sont déclarés non recevables. Par exemple, l’échantillon n’est valable au laboratoire que s’il est accompagné d’une bonne documentation, » a indiqué Dr Jonas Nsenda Nkongolo, expert de l’OMS en prévention et contrôle des infections, lors d’une formation organisée du 09 au 12 mars 2020 à Alger à l’attention des membres du Groupe d’Intervention Rapide (GIR). « Une bonne documentation implique qu’il est mentionné clairement et de manière lisible l’identité de la personne prélevée. Lorsque ceci n’est pas fait comme il se doit, le résultat du test ne sera pas attribué à la bonne personne et en conséquence les mesures qui suivront sont faussées, telles que l’isolement ou la prise en charge. »

D’autres défis qui restent à relever pour l’IPA concernent la manipulation et l’acheminement adéquats des échantillons de l’endroit du prélèvement jusqu’au laboratoire à Alger. Pour Dr Derrar, la formation est essentielle pour lever ces obstacles : « Selon les normes, les échantillons doivent nous parvenir dans les 24h pour que les résultats soient bien interprétés. Parfois, les agents qui transportent le matériel le manipule mal. Il est essentiel que toutes les personnes impliquées dans le processus soient formées pour s’assurer d’une bonne transmission des échantillons au laboratoire. Le milieu de transport viral doit être manipulé avec le plus grand soin. Malheureusement, nous avons observé des erreurs dans l’acheminement de ces boîtes. Il arrive que les ambulanciers ne soient pas informés que les échantillons de COVID-19 doivent être maintenus en position verticale avec un minimum de mouvements. »

Poursuivant, il précise : « Il faut aussi respecter le délai d’acheminement du prélèvement et surtout s’assurer qu’il est conservé et transporté à une température de 4°C, c’est-à-dire dans une glacière réfrigérée. S’il est placé en dehors de cette température idéale, il devient non conforme. Il faut aussi qu’il soit acheminé de manière correcte et ne pas être placé en position allongée ou être mis à l’envers. C’est pourquoi il est important de placer les échantillons dans un portoir qui indique le sens de conservation avec une flèche pour les maintenir en position verticale durant tout le trajet. »

Un appui à long terme

En Algérie, le laboratoire de l’IPA est au cœur de la réponse à l’épidémie du coronavirus et constitue l’étape indispensable pour toute confirmation de cas de COVID-19.  « Bien avant cette épidémie, l’OMS nous avait déjà appuyé en assurant la formation et la mise à niveau de nos cadres dont la mienne.  L’appui de l’OMS nous a rendus plus performants et nous pouvons aujourd’hui répondre à la forte demande occasionnée par l’épidémie actuelle de coronavirus. Ces dernières années, nous avons mis en place des procédures uniformes de réception des échantillons et d’analyse dans le laboratoire. L’OMS nous a fourni des équipements de laboratoire, des tests de diagnostic, des milieux de transport ainsi que des kits de détection en quantité suffisante. La différence est notable car il y a quelques années notamment lors du coronavirus du syndrome respiratoire du Moyen-Orient (MERS) en 2014, il nous fallait une journée entière pour confirmer un cas alors qu’avec le COVID-19, nous obtenons les résultats en 2 heures. »

Un rôle central dans la riposte

Lorsque l’épidémie du coronavirus est advenue dans d’autres régions, l’OMS a renforcé son appui aux pays africains notamment en fournissant aux laboratoires dont celui de l’Institut Pasteur d’Alger (IPA) une quantité importante de kits de tests pour renforcer leur capacité de diagnostic.

Pour accélérer sa capacité de diagnostic de COVID-19 et pallier les obstacles causés par les longues distances d’acheminement des échantillons, quatre laboratoires ont été identifiés dans les provinces du pays afin de servir de laboratoires de référence sous la supervision du laboratoire de l’IPA.

Compte tenu de son expertise et dans le contexte actuel, l’Institut Pasteur d’Alger est devenu un acteur clé dans la riposte au coronavirus. Il est consulté et associé aux prises de décisions : « Lorsque nous avons confirmé le coronavirus et avec la tendance que nous avons observée, notre avis technique était de limiter sans tarder la circulation des personnes et de mettre un terme aux rassemblements de personnes afin d’arrêter la propagation de la maladie. »